Fakültemiz 19 Kasım 1959 tarihinde "İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü" olarak Fatih'teki İstanbul İmam-Hatip Okulu binasında eğitim-öğretime başlamıştır. Bir süre sonra taşındığı Kabataş'taki Namık Kemal İlkokulu'nun üst katında 7 yıl eğitim-öğretime devam ettikten sonra, 23 Ekim 1966'da Bağlarbaşı Kampüsüne nakledilmiştir. İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü  20 Temmuz 1982 tarihinde Marmara Üniversitesi'ne bağlı İlâhiyat Fakültesi hâline dönüştürülmüştür.